ところが、むし歯の原因菌でもあるミュータンス菌がたくさん口の中にいると、その菌がエナメル質にとりついて、食べ物の中に含まれている砂糖をえさにして、乳酸や酢酸を作り出し、その酸のせいでむし歯が作られているのです。
ミュータンス菌が砂糖と出会うとグルコシルトランスフェラーゼ（ＧＴＦ）という酵素を分泌して、ねばねばしてくっつきやすい粘着力の強いグルカンというものを作り出します。このグルカンが歯の表面にべったり張り付いて、そこにいろいろな菌が集まってきます。歯垢（デンタルプラーク）と呼ばれるものです。歯垢は食べ物のカスのように見えますが、すでに細菌の集団なのです。最初のうちは歯ブラシでこすれば取れますが、しだいに厚みを増し、その中で菌が増殖して、膜を作っていきます。
これが「バイオフィルム」です。このバイオフィルムにおおわれた菌はミュータンス菌が出す強い酸によって溶かされて、むし歯ができていくのです。プラークを作らない、バイオフィルムをつくらせない、これがむし歯の本格的な治療であり、予防なのです。歯周病も細菌によって起こりますが、その細菌もバイオフィルムの中にいるのです。